Collections publiques principales
- Florence
- Palazzo Pitti, Galleria d’arte moderna
- Paris
- Musée national d’art moderne, Centre Georges Pompidou
- Bibliothèque nationale
- Vallauris
- Musée Magnelli, Musée de la céramique
Les musées et institutions suivants conservent une ou plusieurs œuvres de Magnelli
- Allemagne
- Essen, Museum Folkwang
- Künzelsau, Museum Würth
- Ludwigshafen am Rhein, Wilhelm-Hack-Museum
- Mannheim, Kunsthalle
- Rolandseck, Stiftung Hans Arp und Sophie Taeuber-Arp
- Würzburg, Museum im Kulturspeicher Würzburg, Collection Peter C. Ruppert
- Belgique
- Bruxelles, Musées royaux des Beaux-Arts de Belgique (Musée d’Art moderne)
- Liège, Musée d’Art moderne et d’Art contemporain
- Verviers, Musées communaux
- Brésil
- Juiz de Fora, Museu de Arte Moderna Murilo Mendes, UFJF
- Rio de Janeiro, Museu de Arte Moderna do Rio de Janeiro
- São Paulo, Museu de arte contemporânea da Universidade de São Paulo
- Canada
- Musée national des beaux-arts du Québec, Québec
- Danemark
- Aalborg, Nordjyllands Kunstmuseum
- Aarhus, ARoS Aarhus Kunstmuseum
- Espagne
- Barcelone, Fundació Joan Miró
- États-Unis
- Buffalo, Albright Knox Art Gallery
- New York, Solomon R. Guggenheim Museum
- Philadelphie, Philadelphia Museum of Art
- Finlande
- Jyväskylä, Alvar Aalto-museo
- Jyväskylä, Jyväskylän taidemuseo
- Tampere, Sara Hildénin taidemuseo/Fondation Sara Hildén
- France
- Antibes, Musée Picasso
- Cholet, Musée d’Art et d’Histoire
- Colmar, Musée d’Unterlinden
- Dijon, Musée des Beaux-Arts
- Dunkerque, Lieu d’Art et d’Action contemporaine
- Ginals, Abbaye de Beaulieu-en-Rouergue, Centre des monuments nationaux
- Gravelines, Musée du Dessin et de l’Estampe Originale
- Grenoble, Musée
- Lille, Palais des Beaux-Arts
- Lyon, Musée des Beaux-Arts
- Marseille, Musée Cantini
- Meudon, Musée d’art et d’histoire
- Nantes, Musée des Beaux-Arts
- Nice, Musée d’art moderne et d’art contemporain
- Paris, Bibliothèque nationale
- Paris, Fondation Le Corbusier
- Paris, Musée d’art moderne de la Ville de Paris
- Paris, Musée national d’art moderne, Centre Georges Pompidou
- Puteaux, Fonds national d’art contemporain
- Rennes, Musée des Beaux-Arts
- Rochelle (La), Musée des Beaux-Arts
- Sables-d’Olonne (Les), Musée de l’Abbaye Sainte-Croix
- Saint-Étienne, Musée d’art moderne
- Strasbourg, Musée d’art moderne et contemporain
- Toulouse, les Abattoirs
- Tournus, Hôtel-Dieu – Musée Greuze
- Vallauris, Musée Magnelli, Musée de la céramique
- Vitry-sur-Seine, Musée d’art contemporain du Val-de-Marne
- Hongrie
- Budapest, Szépmüvészeti Múzeum
- Israël
- Tel-Aviv, Tel Aviv Museum of Art
- Italie
- Bellona (Caserta), Centro Umanistico Incontri Internazionali di Aïka e Antonio Sapone
- Bergame, Accademia Carrara Galleria d’Arte Moderna e Contemporanea
- Bologne, Galleria d’arte moderna
- Florence, Palazzo Pitti, Galleria d’arte moderna
- Gênes, Museo d’Arte Contemporanea di Villa Croce
- Macerata, Museo Palazzo Ricci
- Milan, Civiche Raccolte d’Arte di Milano (Galleria d’arte moderna)
- Pieve di Cento (Bologna), Museo d’Arte delle Generazioni Italiane del 900 G. Bargellini
- Rome, Galleria Nazionale d’Arte Moderna
- Rovereto, Museo di Arte Moderna e Contemporanea di Trento e Rovereto
- Turin, Galleria Civica d’Arte Moderna e Contemporanea
- Luxembourg
- Musée
- Mexique
- Mexico, Ambassade de France
- Monaco (principauté de)
- Nouveau Musée National de Monaco
- Norvège
- Høvikodden, Henie Onstad kunstsenter
- Suisse
- Bâle, Kunstmuseum
- La Chaux-de-Fonds, Musée des Beaux-Arts
- Locarno, Fondazione Marguerite Arp
- Locarno, Pinacoteca comunale Casa Rusca
- Saint-Gall, Kunstmuseum
- Winterthur, Kunstmuseum.
- Zurich, Kunsthaus
- Venezuela
- Caracas, Museo de Arte Contemporáneo de Caracas Sofia Imber
- Ciudad Bolivar, Fundación Museo de Arte Moderno Jesús Soto